Etude in vitro et in situ du transfert conjugatif de l'élément génétique pSAM2 originaire de Streptomyces ambofaciens

par Sylvie Clerc

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Pascal Simonet.

Soutenue en 1996

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Pascal Simonet.


  • Résumé

    Du fait de l'importance des mecanismes de transferts horizontaux dans l'adaptation bacterienne, les rejets volontaires ou accidentels de microorganismes genetiquement modifies dans l'environnement suscitent de nombreuses interrogations: les risques ecologiques concernent la survie du microorganisme modifie et la dissemination de son adn recombine. L'objectif de ce travail a ete de determiner les capacites de transfert par le mecanisme de conjugaison du plasmide integratif psam2 (ou de ses derives appeles pts130 et pts135) originaire de streptomyces ambofaciens au sein des populations indigenes d'actinomycetes dans le sol. Afin d'evaluer la densite des peuplements bacteriens d'actinomycetes dans le sol et afin de determiner leur implication potentielle dans la dissemination du plasmide psam2, une methode de detection et de quantification associant l'amplification pcr et l'hybridation a ete developpee. Cette methode repose sur l'utilisation d'un standard externe a la reaction d'amplification pour la quantification. Elle a permis 1) la detection de faibles quantites d'adn (100 fg), 2) la detection de 7. 10#1 spores. Ml#-#1 et le denombrement de 7. 10#5 et 7. 10#7 spores. Ml#-#1, 3) la detection et la quantification d'une population de s. Lividans introduite dans des microcosmes de sol sterile. Cependant, le denombrement de cette population par la methode pcr-hybridation n'a pas ete correle au denombrement par la methode de suspension-dilution. Le protocole d'extraction d'adn du sol serait insuffisant pour lyser les spores de s. Lividans du fait de leur adsorption sur des composes du sol. Puis, les capacites de transfert du plasmide pts130 entre deux souches de s. Lividans ont ete definies sur le milieu gelose, dans le sol sterile et dans le sol non sterile: le sol sterile est alors considere comme une matrice inerte permettant d'etudier l'influence des parametres abiotiques sur le transfert et le sol non sterile permet d'etudier l'influence des parametres biotiques du sol sur le transfert. Les frequences de transfert sont de l'ordre de 51 a 67% sur le milieu gelose, de 1% en sol sterile et de 0,13% en sol non sterile. On observe d'une part que le sol sterile est une barriere pour l'etablissement du contact entre les microorganismes, et d'autre part que des parametres biotiques affectent le transfert. Afin d'evaluer le transfert du plasmide pts135 par conjugaison aux actinomycetes indigenes dans le sol, une mutation dans la voie de degration du glycerol de la souche donatrice a ete realisee pour empecher son developpement sur le milieu de selection des transconjugants. Ni la capacite de la souche a survivre dans le sol non sterile, ni sa capacite a conjuguer n'ont ete affectes par cette mutation. Cependant, aucun transfert du plasmide pts135 entre la souche donatrice s. Lividans os48. 3 et les actinomycetes indigenes du sol n'a ete detecte


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Informations

  • Détails : 1 vol. (106 f.-[17] f. de pl.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 87-106

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