Projet genome bacillus subtilis : sequencage et analyse de la region chromosomique comprise entre les loci cysb et hisa

par CELINE FABRET

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de F. DENIZOT.

Soutenue en 1996

à Aix Marseille 2 .

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  • Résumé

    Dans le cadre du projet de sequencage du genome de bacillus subtilis, la region situee entre les loci cysb et hisa a ete attribuee a notre groupe. Nous avons teste differentes strategies afin d'isoler cette zone d'interet: (i) marche sur le chromosome par integration de plasmides, (ii) integration de deux cassettes, portant chacune le site de reconnaissance d'une meganuclease (i-scel), pour recuperer ensuite le fragment de restriction, et (iii) utilisation d'un yac de la banque genomique ordonnee de b. Subtilis. Le sequencage de ce fragment (115 kb) a ete aborde en utilisant une strategie elaboree lors du sequencage d'un fragment de 13 kb (fabret et coll. , 1995). Cette strategie repose sur un shot-gun a faible taux de couverture (2 a 3). La prise en compte systematique des sequences des deux extremites de chaque insert, et de la distance les separant, a conduit a la construction d'une carte physique partielle des contigs, terminee a l'aide de reactions de pcr. La disponibilite de cette carte nous a permis de nous focaliser sur deux regions particulieres de 21 kb et 12 kb, integralement sequencees. L'organisation transcriptionnelle de la region de 21 kb a ensuite ete etudiee au moyen d'experiences de northern blot. Une etude fonctionnelle par interruption genique a egalement commence, avec des fusions transcriptionnelles entre le gene interrompu et le gene lacz. Les premiers resultats sont disponibles pour un orf, dont le produit semble implique dans la biosynthese d'un polysaccharide de surface. Aucun transcrit correspondant a ce gene potentiel n'a ete detecte dans les conditions considerees, et son interruption conduit a un phenotype lisse des colonies. Ce resultat est a mettre en parallele avec l'identification dans cette region du chromosome d'un locus smo, responsable de l'apparence lisse ou rugueuse des colonies


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Informations

  • Détails : 179 P.
  • Annexes : 252 REF.

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