Analyse par simulations des spectres d'absorption infrarouge et de diffusion incoherente de neutrons de systemes moleculaires d'interet biologique

par MARC SOUAILLE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de J. SMITH.

Soutenue en 1995

à Paris 11 .

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  • Résumé

    L'objet de cette these est le calcul par simulations de dynamique moleculaire de quantites specroscopiques sur des systemes en phases condensees, leur comparaison avec des donnees experimentales et leur interpretation. Elle comporte deux parties. La premiere partie presente le calcul des spectres infrarouges lointains de l'eau et d'une proteine, le lysozyme, dans le vide et dans son cristal orthorhombique. Les spectres sont calcules a partir de la fluctuation du moment dipolaire total de chaque systeme. Le moment dipolaire contient un terme du aux charges atomiques et un terme d'induction, calcule sur chaque atome a l'aide d'un tenseur de champ dipolaire modifie. La forme du spectre de l'eau est interpretee en fonction du type de mouvement des molecules (translation ou rotation) et l'effet du traitement des interactions electrostatiques est examine. Le calcul sur le cristal de lysozyme vise a montrer la contribution des modes de basse frequence de la proteine sur l'intensite infrarouge, et l'influence du milieu cristallin sur ces modes. L'inclusion de l'induction permet de voir l'effet de la polarisation sur la forme des spectres. La seconde partie presente le calcul des spectres de diffusion incoherente de neutrons sur le compose d'inclusion c#1#9h#4#0/uree. Un champ de force de la molecule d'uree est developpe, a partir de donnees cristallographiques ou provenant de calcul de mecanique quantique ab initio. A partir de celui-ci, des simulations de dynamique moleculaire sont realisees sur differents systemes modeles. Les intensites neutroniques provenants des molecules incluses sont calculees et comparees aux donnees experimentales. Les mouvements translationnels et rotationnels des chaines d'alcanes sont interpretes a l'aide de modeles parametriques ajustes sur les facteurs de structure dynamique et sur les fonctions de diffusion intermediaires

  • Titre traduit

    Simulation analysis of neutron and infrared spectroscopic intensities in biomolecular and condensed phase systems


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Informations

  • Détails : 194 P.
  • Annexes : 137 REF.

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  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Accessible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-012519
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