Modelisation de proteines

par JEHANNE BASCLE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de H. ORLAND.

Soutenue en 1995

à Paris 6 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Nous etudions le repliement des proteines par des approches physiques de deux types: 1. Par des modeles de physique statistique: des modeles simplifies permettent de mener des calculs analytiques. Ils ont pour but d'etudier qualitativement les transitions de phase, d'une part, et les structures secondaires (tailles typiques, stabilite,), d'autre part. Ils s'appuient sur les analogies de comportements de ces molecules avec les polymeres, les verres de spins ou les verres. Un modele de chemin hamiltonien pondere sur reseau cubique met en evidence une transition de gel entre une phase aux structures secondaires etendues, saturant la structure de liaisons hydrogenes, qui s'apparente a la phase native, et une phase desordonnee, d'entropie finie, mais toujours compacte, que l'on peut rapprocher du globule fondu. Un developpement du viriel a haute temperature d'un modele de chaine libre permet de degager une temperature de collapse, au dessus de laquelle la proteine est gonflee, et qui est l'analogue de la phase depliee, et en deca de laquelle la proteine est collapsee, que l'on identifie au globule fondu. 2. Par des modeles empiriques realistes: nous avons etudie la structure tertiaire de plusieurs polypeptides, grace a une methode de monte carlo de croissance, modifiee afin d'introduire un biaisage, comme par exemple l'integration de donnees experimentales. Nous avons explore l'origine de la stabilite de l'etat fondamental helicoidal des poly-alanines. Le c-peptide a ete compare a la poly-glycine et a la poly-alanine: on compare leurs propensions a former des helices, pour retrouver le caractere mou de la poly-glycine, sans structure bien definie, alors que l'etat fondamental des deux autres peptides est une helice. On a simule la structure tertiaire de boucles hypervariables d'immunoglobulines, et l'on retrouve la nature atypique des angles diedres, sous tension, laquelle jouerait un role dans la complexation enzyme/substrat. Le but ultime est la comprehension des mecanismes d'interaction de ces molecules avec leurs antigenes

  • Titre traduit

    Protein modeling


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Informations

  • Détails : 180 P.
  • Annexes : 271 REF.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1995
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