Modèles théoriques de la réaction d'hydrolyse enzymatique de peptides par la thermolysine

par Serge Antonczak

Thèse de doctorat en Chimie informatique et théorique

Sous la direction de Manuel F. Ruiz-Lopez.

Soutenue en 1995

à Nancy 1 , en partenariat avec Université Henri Poincaré Nancy 1. Faculté des sciences et techniques (autre partenaire) .


  • Résumé

    Nous avons abordé l'étude de la réaction d'hydrolyse de peptides par la thermolysine en utilisant différents modèles quantiques et mixtes (classique/quantique) de l'enzyme et du substrat. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à un modèle très simple pour lequel des méthodes ab initio poussées ont été utilisées. L'hydrolyse du formamide a été analysée et nous avons examiné l'effet de la catalyse acide ainsi que celui du à l'introduction d'une deuxième molécule d'eau dans le mécanisme réactionnel (c. à. D. Catalyse bi fonctionnelle ou mécanisme assisté). Nous avons également étudié les effets électrostatiques du solvant. Les mécanismes d'hydrolyse assistés sont généralement préférés aux mécanismes non-assistés. Ce fait est renforcé dans le cas des processus catalysés par h#3o#+. Nous avons repris ces différentes réactions d'hydrolyse en utilisant un modèle relativement simple du site catalytique de la thermolysine. Cette étude a été réalisée à l'aide de méthodes semi-empiriques et dft. Le rôle joue par les ligands du zinc pour délocaliser la charge électronique vers le catalyseur a été mis en avant. Les résultats énergétiques et géométriques obtenus sont assez proches des valeurs de la catalyse acide. Enfin, l'utilisation d'une méthode mixte qm/mm, nous a permis d'aborder le processus enzymatique en tenant compte de l'ensemble de la structure de la thermolysine. Nous avons pu clarifier le double rôle géométrique et énergétique joué par les acides-aminés environnants. L'effet catalytique de la thermolysine est relativement faible dans le cas des mécanismes non-assistés et beaucoup plus important lors des processus assistés.

  • Titre traduit

    Théorical models for the enzymatic hydrolysis reaction of peptides by thermolysin


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  • Détails : 1 vol.(136 p.)
  • Annexes : 116 réf.

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