Modélisation de cartes génomiques : une formalisation et un algorithme de construction fondé sur le raisonnement temporel

par Olivier Schmeltzer

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de François Rechenmann.

Soutenue en 1995

à l'Université Joseph Fourier (Grenoble) .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    La modélisation de cartes génomiques, qui sont un outil indispensable aux biologistes moléculaires, pose de nombreux problémes de représentation et de traitement. Les premiers proviennent de l'existence de plusieurs descriptions des entités du génome, les seconds de la complexité algorithmique de la construction des cartes, ajoutée à la nécessité de pouvoir traiter les incohérences issues des expériences. Ce travail s'attache dans un premier temps à préciser la notion de carte grâce à une formalisation qui spécifie comment sont construites les cartes génomiques et quelles sont les relations entre les entités qui y apparaissent. Celle-ci est ensuite implémentée dans un système de représentation de connaissances par objets. Dans un second temps, un algorithme de construction de cartes à partir de la description des relations entre les entités qui les constituent est proposé. Cet algorithme s'appuie sur des techniques de raisonnement temporel et intègre des informations aussi bien qualitatives que quantitatives. Son implémentation a été réalisée à partir d'un logiciel de raisonnement temporel et valide la généricité de la démarche qui peut profiter de tous les progrès dans ce domaine de façon quasi-immédiate. Les spécifications d'un générateur d'interfaces cartographiques sont également présentées ; à la différence des systèmes existants, ce générateur n'est pas restreint à une seule interface cartographique ad hoc mais constitue une boite à outils permettant de construire soi-même son interface cartographique personnalisée

  • Titre traduit

    Genomic map modelling : a formalization and an assembly algorithm based on temporal reasoning


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  • Détails : 1 vol. (210 p.)
  • Annexes : 100 REF.

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