Diversité et structure des populations de rhizobium leguminosarum biovar viciae isolées du sol, de la rhizosphère et des nodosités racinaires du pois et de la féverole

par Philippe Louvrier

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées

Sous la direction de Noëlle Amarger.

Soutenue en 1995

à Dijon .

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  • Résumé

    Des populations de rhizobium leguminosarum bv. Viciae ont ete isolees de deux sols provenant de deux parcelles distantes de 500 metres, de la rhizosphere et des nodosites racinaires du pois (pisum sativum) et de la feverole (vicia faba) cultives en serre sur chacun de ces deux sols. Nous avons compare la diversite genotypique des 8 populations isolees, comportant chacune approximativement 60 isolats. Un milieu semi-selectif, qui limite la croissance des bacteries du sol sans inhiber la croissance de r. Leguminosarum, a tout d'abord ete mis au point. Celui-ci inclut deux antibiotiques, la penicilline et la bacitracine, des antifongiques et du pentachloronitrobenzene. Utilise avec une autre etape selective (incapacite de croissance sur milieu luria bertoni), et une methode d'identification specifique (hybridation de colonies avec une sonde specifique du biovar viciae), ce milieu nous a permis d'isoler r. Leguminosarum bv. Viciae directement du sol et de la rhizosphere. Les 481 isolats ont ete d'abord regroupes d'apres leurs profils plasmidiques puis caracterises par pcr-rep. Un sous-echantillon de 115 isolats a ete de plus analyse par pcr-rflp de la region intergenique 16s-23s de l'adnr. La variabilite revelee par profil plasmidique et par pcr-rep reflete la variabilite du chromosome. La variabilite de la region symbiotique a ete determinee par pcr-rflp de la region d'adn nodd-f. Parmi les 481 isolats, nous avons detecte 33 groupes rep, 11 types nod et 45 genotypes definis par la combinaison des groupes rep et des types nod, et 161 associations type plasmidique/type nod. Les populations isolees des deux sols presentent des niveaux de diversite comparables et ont en commun les genotypes les plus representes. Cependant, les frequences de ces genotypes varient entre les deux populations. Quel que soit le sol, les structures des populations isolees de la feverole et du pois etaient differentes de celles des populations du sol. Les differences entre les populations nodulantes et les populations telluriques sont systematiquement liees a la composante symbiotique du genome. Dans le cas du pois cultive sur le sol f5, les differences sont egalement liees aux frequences des groupes rep. Pour chaque sol, la distribution des genotypes differe entre les populations nodulantes du pois et de la feverole. De plus, les structures des populations nodulantes d'une meme plante-hote, mais cultivee sur deux sols differents, sont egalement differentes. Ces resultats indiquent que certains genotypes du sol sont selectionnes par la plante-hote et que cette selection est variable en fonction de la plante mais egalement de la proportion relative des genotypes dans le sol. Dans le cas du pois, la selection de certains genotypes s'opererait dans la rhizosphere


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  • Détails : 123 P.
  • Annexes : 145 REF.

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