Etude de la structure de triples hélices d'ADN par modélisation moléculaire, corrélations avec les données de la spectroscopie infrarouge et de la spectroscopie Raman

Study of dna triple hélices structure by molecular modeling, correlations with infrared spectroscopy and raman spectroscopy data

• Auteur / Autrice : Mohammed Ouali
• Direction : Eliane Taillandier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biophysique moléculaire
• Date : Soutenance en 1994
• Etablissement(s) : Paris 13

Mots clés

Mots clés contrôlés

Raman, Effet augmenté en surface

ADN -- Synthèse (chimie)

Triple-hélice

Résumé

Nous avons étudié par modélisation moléculaire et dynamique moléculaire, en corrélation avec les résultats de la spectroscopie infrarouge et de la spectroscopie raman, la structure de différentes familles de triples hélices d'acides nucléiques. Dans la première famille possédant un troisième brin contenant des bases pyrimidiques, nous nous sommes intéressés à la conformation des sucres, puis à l'effet de l'anomérie alpha ou beta des nucléosides sur le mode d'appariement et la polarité du troisième brin. Suivant la triple hélice considérée, nous avons montré la coexistence de sucres de type sud et de type nord, ou la présence unique de sucres de type sud, et ainsi demontré la possibilité de former une triple hélice avec un duplex en forme b ou en forme hétéronome. La substitution d'un troisième brin d'anomérie beta par un brin d'anomérie alpha induit selon le type de triplets constitutifs de la triple hélice soit l'inversion de la polarité du troisième brin (anti parallèle) avec conservation du type d'appariement (Hoogsteen), soit la modification du type d'appariement (hoogsteen inversé) avec conservation de la polarité (parallèle). Nous avons ensuite examiné dans le cas des triples hélices formées à l'aide d'un troisième brin riche en purines, la conformation des sucres, l'influence de la séquence sur le mode d'appariement et sur la polarité du troisième brin, ainsi que la flexibilité de ces édifices. Un troisième brin ne possédant que des guanines est orienté parallèlement par rapport au brin purine du duplex gc, alors qu'un brin contenant à la fois des guanines et des adénines possède une orientation antiparallèle. Nous avons montré que l'appariement hoogsteen inversé couple à une orientation anti parallèle du troisième brin est corrélé à des sucres de type sud. La configuration hoogsteen parallèle nécessite la présence de sucres de type nord. De plus, les modèles présentant un appariement Hoogsteen inversé avec une polarité anti parallèle montrent une plus grande flexibilité que ceux en appariement hoogsteen avec une polarité parallèle.