Affinement par maximum de vraisemblance des parametres d'atomes lourds dans les experiences mir et mad en cristallographie biologique

par ERIC DE LA FORTELLE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Roger Fourme.

Soutenue en 1994

à Paris 11 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    En cristallographie biologique, depuis les premieres determinations de structures pour lesquelles aucun modele approche n'est disponible, le probleme des phases a suscite des innovations experimentales (remplacement isomorphe, mesure de la diffraction anomale) et theoriques (diagramme de harker, probabilite de phase). Cependant, toutes ces methodes necessitent la connaissance precise de la contribution au rayonnement diffracte d'une structure partielle d'atomes lourds dans la molecule. Les methodes traditionnelles d'affinement des parametres d'atomes lourds par moindres carres ont prouve leur efficacite, mais sont loin d'etre optimales dans les cas difficiles. Nous avons formule rigoureusement le probleme dans ses termes statistiques, et fait appel a la notion de vraisemblance. Ce nouveau type d'affinement, dit par maximum de vraisemblance, necessite le calcul d'integrales bidimensionnelles, pour lequel nous avons fait appel a des methodes de quadrature. Sur la base de ces theories, un programme informatique a ete ecrit dans un souci de generalite par rapport aux divers types d'experiences possibles, et de souplesse pour faciliter des developpements futurs. A cet effet, les donnees cristallographiques ont ete organisees sous forme de pointeurs hierarchises, et les calculs ont ete structures de la meme maniere. Des tests effectues sur des donnees simulees montrent que cet affinement permet de retrouver les parametres corrects dans la limite des ecarts-type indiques. La comparaison avec un autre programme d'affinement (mlphare) montre des resultats comparables lorsque le defaut d'isomorphisme est faible, mais une nette superiorite lorsqu'un des derives est peu isomorphe


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Informations

  • Détails : 153 P.
  • Annexes : 48 REF.

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  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-011893
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