Recherche d'un outil de caracterisation visant a construire une classification phylogenetique englobant l'ensemble des souches de l'espece fusarium oxysporum

Characterization by molecular tools of all isolates of fusarium oxysporum: towards a phylogenetic classification

• Auteur / Autrice : Isabelle Avelange
• Direction : Yves Brygoo
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1994
• Etablissement(s) : Paris 11

Résumé

Fusarium oxysporum est un champignon filamenteux que l'on trouve en abondance dans les sols agricoles du monde entier a l'etat saprophyte. Certains sont toutefois pathogenes de nombreuses plantes et sont les agents responsables des fusarioses vasculaires. Parmi les formes pathogenes, de nombreuses sont specialisees sur une espece ou une famille de plantes hotes. Cette specialisation est a l'origine de la classification en formes speciales adoptee actuellement. Cependant, celle-ci exclut les formes saprophytes qui sont alors regroupees dans un vaste ensemble appele non pathogene. Dans ce contexte, une classification phylogenetique qui englobe l'ensemble des souches de l'espece f. Oxysporum, s'averait necessaire et la recherche de caracteres moleculaires discriminants s'imposait. A cet effet, nous avons axe notre recherche sur le developpement d'un outil de caracterisation moleculaire que nous avons utilise ensuite dans diverses applications. Pour le construire nous avons prospecte deux regions transcrites, les espaceurs internes de l'unite ribosomique (its) et l'intron du gene de la nitrate reductase. Le nombre de differences entre souches dans ces regions n'est pas assez important pour qu'elles constituent des outils de caracterisation. Nous avons donc prospecte une region susceptible d'etre plus polymorphe: la sequence intergenique (igs) separant deux unites ribosomiques. La partie centrale de cette sequence montre suffisamment de polymorphisme pour constituer un bon outil de caracterisation. En exploitant le polymorphisme de 142 souches dans cette region, nous avons pu montre qu'aucune correlation entre parente genetique des souches et specialisation sur une plante hote n'a pu etre mise en evidence. De meme, aucune correlation n'existe entre groupe genetique et localisation geographique