Thèse soutenue

MultiMap : un modèle objet dédié à la cartographie comparée des génomes de mammifères
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Auteur / Autrice : Franck Dorkeld
Direction : Christian Gautier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences. Biométrie
Date : Soutenance en 1994
Etablissement(s) : Lyon 1
Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christian Gautier

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Chez les mammiferes, l'homme en particulier, les grands programmes d'etude des genomes produisent des donnees cartographiques de plus en plus nombreuses. L'organisation generale de ces genomes commence ainsi a etre accessible. Differentes techniques ont ete employees pour etudier l'organisation des genes au sein des chromosomes. Elles ont conduit a la creation de cartes physiques et de cartes gentiques complementaires qu'il est necessaire de remettre en correspondance. De plus, la comprehension de l'organisation actuelle des genomes de mammiferes implique l'acces a des donnees comparatives (cartographiques et compositionnelles). Toutes ces informations rendent necessaire l'emploi de systemes informatiques pour faciliter leur manipulation. L'objectif de ce travail a donc ete de construire un tel systeme. La premiere partie de ce texte decrit l'organisation globale des genomes de mammiferes et presente certaines donnees sur la correspondance entre localisation et composition en bases chez l'homme. Les principales methodes d'etudes cartographiques, genetiques et physiques sont ensuite exposees. Un chapitre de ce memoire est consacre a la description des principales banques de donnees genomiques ou sont stockees des sequences nucleiques, ainsi que les informations associees et en particulier des donnees cartographiques. Dans cette partie nous avons insiste sur les liens existant entre toutes ces banques ainsi que les problemes lies a la manipulation des informations qu'elles stockent. La seconde partie de ce memoire est plus particulierement dediee a la description du logiciel multimap, consacre a la representation des donnees cartographiques des genomes de mammiferes. Ce logiciel est construit avec le systeme de gestion de base de connaissances shirka. Cette partie decrit donc les informations representees: objets biologiques, cartes genomiques et liens entre ces niveaux de connaissances. Un chapitre presente les interfaces graphiques developpees pour faciliter l'acces aux donnees incluses dans multimap. L'application de ce systeme a des etudes cartographiques, fait l'objet du dernier chapitre. En conclusion, nous presentons les extensions possibles de ce logiciel ainsi que les apports des systemes a objets pour la gestion des donnees cartographiques