Le champ de force SPASIBA de saccharides : Sa paramétrisation et son application à l'étude en dynamique harmonique et dynamique moléculaire du chitobiose et du chitohexaos

par Isabelle Kouach-Alix

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé

Sous la direction de Gérard Vergoten.

Soutenue en 1994

à Lille 1 .


  • Résumé

    Au cours de notre travail, nous avons determine les parametres de la fonction energie potentielle, en utilisant le champ de forces urey-bradley-shimanouchi modifie, pour les monosaccharides suivants: le methyl-alpha-mannoside, la n-acetyl-alpha-glucosamine, l'acide n-acetyl-alpha-muramique, l'acide n-acetyl-beta neuraminique ainsi que pour la liaison n-glycosidique. Ces parametres sont ensuite utilises pour le champ de forces spasiba dont la fiabilite est demontree par l'etude en dynamique harmonique de la n-acetyl-alpha-glucosamine et du n,n-diacetyl-chitobiose. Puis differentes simulations moleculaires du n,n-diacetyl-chitobiose ont ete effectuees en utilisant des constantes dielectriques differentes. Les resultats, compares a ceux obtenus avec le champ de forces amber, permettent de conclure que le champ de forces amber, n'est adapte aux saccharides, que les cycles pyraniques sont rigides, mais, pas les entites monosaccharidiques, et qu'aucune representation de la constante dielectrique ne permet de mimer les effets de l'eau. Enfin, une simulation de 64 ps du chitohexaose effectuee dans l'eau avec le champ de forces spasiba ne permet pas de mettre en evidence la distorsion du cycle d de cette molecule.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (289 p.)
  • Annexes : Bibliogr. à la fin des chapitres

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université des sciences et technologies de Lille (Villeneuve d'Ascq, Nord). Service commun de la documentation.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 50376-1994-190
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