Taxonomie des pseudomonas phytopathogenes du groupe de pseudomonas syringae : etudes phenotypique et genotypique

par HUSSAIN LATIF SHAFIK

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de L. MERCIER.

Soutenue en 1994

à Angers .

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  • Résumé

    La taxonomie des pseudomonas fluorescents phytopathogenes oxydase negative bien qu'ayant evolue dans le temps est actuellement floue et insatisfaisante. Ce groupe comprend 52 pathovars de p. Syringae et 5 especes proches (p. Cichorii et p. Viridiflava, p. Amygdali, p. Ficuserectae, p. Meliae). Les caracteres phenotypiques (20 caracteres biochimiques et l'assimilation de 147 substrats hydrocarbones) de 655 souches des pathovars de p. Syringae et des 5 especes proches ont ete etudies. Les donnees ont ete interpretees par l'utilisation d'une methode de taxonomie numerique et du coefficient de capacite de diagnostic (ccd). Les resultats font apparaitre la grande diversite phenotypique des pathovars p. Syringae. Des souches de certains pathovars comme pv. Glycineae, pv. Phaseolicola, pv. Savastanoi, pv. Porri, pv. Avellanae, pv. Persicae, pv. Tomato, pv. Morsprunorum, pseudomonas sp. (magnolia sp. ) forment des phenons que l'on differencie par les caracteres phenotypiques. D'autres pathovars comme pv. Syringae, pv. Pisi, pv. Aptata, pv. Atropurpurea, pv. Japonica, pv. Dysoxyli, pv. Eriobotryae, pv. Lapsa, pv. Striafaciens et pv. Atrofaciens s'agregent dans le meme phenon a des distances faibles et ne sont pas identifiables par les caracteres biochimiques. Les caracteres genomiques des souches-type des 52 pathovars de p. Syringae et des 5 especes proches ont ete etudies par hybridations quantitatives adn/adn par la methode de la nuclease s1. Il a ete mis en evidence 9 especes genomiques qui regroupent un nombre variable de pathovars: p. Syringae (10), p. Savastanoi (20), p. Tomato (14), p. Porri (8), p. Avellanae (2), p. Helianthi (2), p. Tremae (1), p. Cannabinae (1) et p. Viridiflava (2). La validation de ces 9 especes sera proposee. Cependant, aucune caracterisation biochimique ne permet pas encore leur identification


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  • Annexes : 104 REF.

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