Application de l'amplification genique in vitro a la detection et l'identification de bacteries phytopathogenes pectinolytiques

Polymerase chain reaction as a tool to detect and identify pectolytic phytophathogenic bacteria

• Auteur / Autrice : ARMELLE DARRASSE
• Direction : GILBERT BOMBEIX
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1993
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

Parmi les cinq sous-especes d'erwinia carotovora, e. C. Atroseptica est consideree comme un important pathogene de la pomme de terre. Au contraire, e. C. Carotovora, tres ubiquiste, n'est pas capable de provoquer des symptomes aussi severes. Les methodes prophylactiques constituent la voie majeure de lutte contre les bacterioses et necessitent des bons outils de detection. Dans un premier temps, nous avons developpe un test de detection d'e. Carotovora par pcr (amplification genique in vitro) a partir des sequences de genes pel (codant des pectate lyases). Une etude rflp (polymorphisme de longueur de fragments de restriction) du fragment amplifie a permis d'identifier e. C. Atroseptica. L'analyse phylogenique des resultats issus de rflp ont montre qu'e. C. Atroseptica formait un groupe homogene, pouvant refleter son adaptation a son hote, la pomme de terre. Au contraire, ec. Carotovora, et e. C. Odorifera presentent une plus grande diversite genetique, en accord avec leur large gamme d'hote et leur vaste distribution geographique. Par ailleurs, l'adn d'une souche d'e. C. Atroseptica a ete enrichi en sequences non homologues par des hybridations soustractives successives contre l'adn d'une souche e. C. Carotovora. Plusieurs fragments d'adn ont ete isoles et sequences. L'un d'entre eux s'est avere specifique de l'ensemble des souches d'e. C. Atroseptica. L'implication de ces resultats dans le developpement d'un outil de detection est discutee en relation avec la taxonomie actuelle d'e. Carotovora