Modelisation de la structure tridimensionnelle de macromolecules a partir de donnees rmn : etude d'une proteine transporteuse de lipides (la ltp de ble) et d'un adn (l'operon lactose lie a son represseur)

par EDITH GINCEL

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de F. VOVELLE.

Soutenue en 1993

à Orléans .

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  • Résumé

    L'interaction de macromolecules biologiques ou la complexation avec des ligands necessite des rearrangements conformationnels essentiels a leur activite biologique. La modelisation moleculaire permet de determiner les structures a partir de parametres experimentaux. Mon travail de these a porte sur l'etude de ces rearrangements en utilisant des donnees de rmn 2d. Deux systemes ont ete etudies: i) un oligonucleotide, l'operon lactose complexe ou non a son represseur. Ii) une proteine de ble transportant des lipides, la ltp (en vue d'etudier les differences structurales obtenues avec cette meme proteine complexee a un phospholipide). Pour l'operon lactose, nous disposions de contraintes rmn sur l'operateur isole et complexe. Une etude effectuee en utilisant le logiciel amber en mecanique et dynamique moleculaire nous a conduits a des resultats difficiles a exploiter. Seule la mecanique moleculaire en coordonnees internes (logiciel jumna) permet de s'affranchir des structures initiales. Les modifications de structures entre l'adn isole et complexe sont tres localisees et concernent la structure tres fine comme par exemple une courbure de la double helice. Dans le cas de la proteine de ble, la generation de structures se fait en plusieurs temps. Tout d'abord, la geometrie des distances en utilisant le logiciel dspace puis une etape de recuit simule a 1000k, et enfin une etape de dynamique moleculaire de 100 ps a 300k en utilisant le logiciel x-plor. C'est la premiere structure de ltp etablie. Cette proteine est formee de quatre fragments helicoidaux enroules selon une spirale droite jusqu'a un fragment c-terminal ayant la forme d'un saxophone


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  • Détails : 165 P.
  • Annexes : 139 REF.

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