Une nouvelle famille de proteines riches en cysteines : structure et modelisation

par FRANCK BAUD

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de JUDITH LEHMANN.

Soutenue en 1993

à Grenoble 1 .

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  • Résumé

    La structure de la proteine hydrophobe du soja (hps) (8,3 kda) a ete resolue par cristallographie des rayons-x en utilisant la methode du remplacement isomorphe. Le modele a ete affine par dynamique moleculaire en utilisant des intensites mesurees a 1,8 a de resolution. Le facteur r d'accord avec les donnees observees vaut 18,7%. La structure est composee de quatre helices repliees selon une spirale et fermement maintenues par les interactions hydrophobes et quatre ponts disulfures. Une soixante de molecules d'eau ont ete localisees mais aucune organisation structurale speciale de ces molecules pres des surfaces hydrophobes n'a ete observee. La famille de hps est caracterisee par un motif de huit cysteines tres conserve dans les sequences en acides amines. En resolvant la structure de hps nous avons decouvert que l'arrangement en ponts disulfures de hps etait different de celui d'une autre proteine homologue, (la proteine de transfert de phospholipides du ricin pltp) determine par methode spectroscopique. Nous avons explique comment ces deux arrangements pouvaient conduire au meme repliement caracteristique de la famille. La construction de modeles pour les autres proteines homologues distribuees d'apres les sequences en acides amines en deux sous familles (les pltp et les proteines riches en prolines hydroxylees hyprp impliquees dans l'embryogenese de certaines plantes) a confirme la probable appartenance de hps au second groupe ce qui a permis de mieux cerner la fonction biologique de hps. Enfin une methode pour decrire le repliement des proteines de maniere analytique a ete proposee. Elle consiste a developper les coordonnees des carbones- en serie de fourier, la variable etant le numero de residu. Dans ce developpement, les termes de basses frequences servent a decrire le repliement global et permettent entre autre l'alignement de deux structures


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  • Détails : 182 P.
  • Annexes : 185 REF.

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