Etudes des complexes de drogues intercalantes avec des oligonucleotides par rmn et modelisation moleculaire

par JOEL POTHIER

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de MARC LE BRET.

Soutenue en 1992

à Paris 11 .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    I) nous avons effectue sur le complexe actinomycine d-d(cgcg)2 des calculs de mecanique moleculaire utilisant trois types de donnees rmn: deplacements chimiques, couplages scalaires homo- et heteronucleaires et effets overhauser nucleaires (noe). Le modele obtenu differe des modeles anterieurs au niveau des residus n-methyl-valine et des sarcosines, et les pentapeptides de l'actinomycine d sont asymetriques. Ii) nous avons etudie des complexes formes par le ditercalinium et un de ses analogues inactifs avec d(cgcg)2 et d(ttcgcgaa)2 par rmn du proton et du phosphore. Le ditercalinium, molecule antitumorale, est un dimere de 7h-pyrido 4,3c carbazoles, relies par une chaine bis-piperidinique, remplacee par une chaine hexamethylene 1-7-diamine dans l'analogue inactif. Pour les deux drogues, les effets noes intermoleculaires indiquent une bis-intercalation par le grand sillon dans les sites gpc des oligonucleotides, et tres peu de differences entre les deux complexes. La mecanique et la dynamique moleculaire confirment ce fait. La modelisation de lesions de l'adn (dimere de thymines ou thymine glycol) qui declenchent le meme systeme de reparation que le ditercalinium, indique que ces lesions ne causent pas de deformation majeure dans des oligonucleotides. Iii) minimisation des noes par rapport aux coordonnees cartesiennes ou aux temps de correlation: pour minimiser l'ecart noes observes-noes calcules, nous avons utilise une forme analytique du gradient de la matrice des noes par rapport aux coordonnees cartesiennes (ou aux temps de correlation). Le temps de calcul proportionnel au cube du nombre de protons est de l'ordre de celui d'une minimisation energetique habituelle pour un octanucleotide, grace a un seuil reglable de prise en compte des protons. L'etude montre que cette methode est stable et toujours applicable

  • Titre traduit

    2d nmr and molecular modelling of intercalating drugs complexed with oligonucleotides


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  • Annexes : 550 REF

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  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH2014-010777
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