1. Contribution au developpement de la methode hca : logiciel interactif mansek. 2. application a la modelisation partielle de recepteurs hormonaux

par LAURENCE LEMESLE-VARLOOT

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Jean-Paul Mornon.

Soutenue en 1991

à Paris 6 .

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  • Résumé

    1. La methode hca permet l'analyse de sequences de proteines en associant la notion de prediction de structures secondaires a celle d'alignement de sequences, pour la comparaison de familles de sequences faiblement homologues. C'est une methode manuelle, qui repose sur une representation bidimensionnelle des sequences, et requiert une certaine expertise de la part de l'utilisateur. Nous decrivons une methodologie pratique l'emploi, permettant a des utilisateurs novices de s'initier a la methode. Parallelement, nous avons developpe un logiciel graphique interactif, d'exploitation de la methode. Ce logiciel, mansek, ecrit en fortran 77 standard et en gks, regroupe des fonctions graphiques interactives d'edition, de transformation et d'exploitation des diagrammes hca et permet le calcul interactif de scores. 2. La methode hca a permis de detecter une homologie potentielle entre les elements de la famille des serpins et les recepteurs hormonaux nucleaires. A partir des structures de l'alpha-1-antitrypsine clivee et de l'ovalbumine non clivee, chefs de file des serpins, nous avons construit, selon deux hypotheses distinctes d'alignement de sequences, les modeles des domaines de liaison a l'hormone des recepteurs nucleaires de l'androgene, des glucocorticoides, de l'strogene, de la vitamine d, de la thyroxine, et de l'acide retinoique. Les modeles obtenus sont en accord avec differentes donnees structurales et de sequence, quant au site de liaison de l'atp. Par ailleurs, nous proposons, en accord avec des donnees biochimiques, deux sites potentiels de liaison a l'hormone, ainsi qu'une hypothese hautement speculative sur le lien qui pourrait exister entre la liaison de l'hormone et de l'atp


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  • Annexes : 200 REF

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
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  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1991
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