Etude de la conformation de deux arn ribosomiques : l'arn 16s d'escherichia coli et l'arn 5s de xenopus laevis : relations structure-fonction

Study of the conformation of two ribosomal rnas: 16s rna from escherichia coli and 5s rna from xenopus laevis. Structure-function relationships

• Auteur / Autrice : Florence Baudin
• Direction : Bernard Ehresmann
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées
• Date : Soutenance en 1989
• Etablissement(s) : Strasbourg 1

Résumé

Ce memoire porte sur l'etude de la conformation de deux arn ribosomiques, l'arn 16s d'escherichia coli et l'arn 5s d'oocyte de xenopus laevis. Une etude systematique a ete realisee sur toute la molecule d'arn 16s isolee, dans la sous-unite 30s et dans le ribosome 70s a l'aide de sondes de structure enzymatiques et chimiques. Ces etudes permettent de definir les regions en contact avec les proteines, celles situees a l'interface des deux sous-unites et celles subissant des ajustements conformationnels. L'etude d'une region possedant un role dans le decodage de l'arnm, en presence de l'arnt fixe aux sites a et p du ribosome nous a permis de degager les regions fonctionnelles impliquees dans la fixation de l'arnt ainsi que les changements conformationnels induits par cette fixation. Dans les oocytes immatures de xenope, l'arn 5s est associe a une proteine, tfiiia qui se fixe egalement au gene de l'arn 5s pour en initier la synthese. Nous avons etudie les elements de l'arn, importants dans l'interaction avec iffiia. La deletion individuelle, par mutagenese dirigee, des nucleotides en bulge de l'arn et des nucleotides correspondants dans l'adn, montre que les elements requis pour la fixation de tfiiia sur l'adn et sur l'arn sont certainement differents. De meme, des mutations ponctuelles introduites a la charniere des 3 domaines helicoidaux de l'arn 5s nous a permis de conforter l'idee du role crucial de celle-ci dans la determination de la structure tertiaire de l'arn 5s, necessaire a la reconnaissance de tfiii. L'etude de la conformation de differents arn mutants par l'utilisation de sondes de structure permet de confirmer le modele de structure tertiaire en y propose pour l'arn 5s. L'utilisation d'un reactif de pontage reversible arn-proteine nous a permis de definir la topographie du complexe arn 5s-tfiiia