Thèse soutenue

Etude des Candidate Phyla Radiation chez l'Homme en situations physiologiques et pathologiques

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Auteur / Autrice : Camille Valles
Direction : Didier RaoultJean-Christophe Lagier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
Date : Soutenance le 25/11/2022
Etablissement(s) : Aix-Marseille
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
Jury : Président / Présidente : Florence Fenollar
Rapporteurs / Rapporteuses : Jean-Philippe Lavigne, Max Maurin

Résumé

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Nous nous sommes intéressés aux Candidate Phyla Radidation (CPR) chez l’être humain, leur distribution dans le microbiome en situations physiologiques et pathologiques ainsi que leur culture. Nous avons réalisé une étude bibliographique reprenant la distribution des CPR chez l’homme, puis une deuxième étude bibliographique rassemblant les techniques de cultures. Enfin, nous avons effectué un travail préliminaire sur différents sites humains pour connaitre la distribution des CPR et plus particulièrement des Candidatus Saccharibacteria grâce à des méthodes de biologie moléculaire et de microscopie électronique. Les résultats obtenus ont conduit à évaluer le pouvoir infectieux des Candidatus Saccharibacteria en déterminant leur proportion dans des échantillons de sang et d’abcès provenant de patients fébriles. Nous avons participé à l’expansion du répertoire des Candidatus Saccharibacteria chez l’homme par la reconstruction de deux génomes à partir de métagénomes d’échantillons ayant une forte abondance en Candidatus Saccharibacteria. Tous ces travaux ont permis de mettre en évidence la présence du phylum Candidatus Saccharibacteria chez l’homme tant en situations physiologiques que pathologiques. Nous ouvrons ainsi la voie à de nombreux autres travaux car le métabolisme des CPR reste peu connu. La co-culture de Candidatus Saccharibacteria avec leur hôte nous permettrait par leur génome ainsi que leur transcriptome de mieux appréhender leurs interactions symbiotiques et finalement permettre la culture axénique des Candidatus Saccharibacteria.